常用的代謝組相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)包括人類(lèi)代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)（HMDB）、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)、Reactome數(shù)據(jù)庫(kù)等，介紹如下： 人類(lèi)代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)（HMDB）是代謝組學(xué)中比較流行的數(shù)據(jù)庫(kù)之一，包括人類(lèi)小分子的詳細(xì)信息體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的分子代謝物，不少于79,650個(gè)代謝物條目。 SMPDB 數(shù)據(jù)庫(kù)與 HMDB 鏈接，包含大約 700 條人類(lèi)代謝和疾病途徑的途徑圖。 KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)是流行的代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)之一，包含代謝途徑和相互作用網(wǎng)絡(luò)的信息。 Reactome數(shù)據(jù)庫(kù)主要收集人體主要代謝途徑和重要反應(yīng)的信息。 MassBank數(shù)據(jù)庫(kù)主要收集許多高分辨率低代謝成分的光譜。

BioCyc 數(shù)據(jù)庫(kù)包含途徑和基因組數(shù)據(jù)。 METLIN 數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)商業(yè)代謝組和串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫(kù)，包含約 43,000 種代謝物和 22,000 個(gè) MS/MS 譜圖。 FiehnLib 數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)商業(yè)代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)，包含約 1000 個(gè)保守代謝物的 EI 譜。

NIST/EPA/NIH 質(zhì)譜庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù)也是一個(gè)商業(yè)代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)，包含超過(guò) 190,000 個(gè) EI 譜圖。 BioCyc 數(shù)據(jù)庫(kù)收集途徑和基因組數(shù)據(jù)，并且免費(fèi)提供。 MetaCyc 數(shù)據(jù)庫(kù)全面收集了許多不同生物體的代謝途徑和酶的信息，包括 51,000 多篇文章。 MMCD數(shù)據(jù)庫(kù)收集了10,000多種代謝物的信息及其MS和NMR數(shù)據(jù)，其中大部分是擬南芥代謝物。